Mit der Renovierung der Schule in den Jahren 2003-2005 wurden auch die Klassenräume von Grund auf erneuert und den Erfordernissen des modernen Schulalltags angepasst. So verfügen alle Klassen über einen Beamer und ein Multimedia-Soundsystem. Für jeden Schüler gibt es ein eigenes Ablagefach für diverse Schulutensilien, die nicht jeden Tag mit nach Hause genommen werden müssen. Zudem ermöglichen es große Korkwände an den Seitenwänden, Unterrichtsmaterialien und Plakate aufzuhängen.
Zur Infrastruktur der Schule gehört auch eine großzügige unterirdische Turnhalle mit ausziehbaren Tribünen, die im Bedarfsfall auch als Versammlungshalle genutzt werden kann.
Weiters verfügt die Schule über einen eigenen Hörsaal und ein Labor inklusive Vorbereitungsraum, das nach neuesten Standards eingerichtet wurde.
Für den Musik- und Kunstunterricht gibt es einen eigenen, 100 m² großen Kunst- und Musikraum im Dachgeschoss des Gebäudes.
Darüber hinaus verfügt die Schule noch über eine gut ausgestattete Schülerbibliothek, die dank ihrer diversen Sitzmöglichkeiten auch als Aufenthaltsraum für Schüler in den Pausen dient.
Für den Informatikunterricht nutzen die SchülerInnen den eigens dafür konzipierten und eingerichteten Computerraum.
Für den Werkunterricht steht ein mit allen erforderlichen Gerätschaften ausgestatteter Werkraum zur Verfügung.
Darüber hinaus gibt es am Franziskanergymnasium mit dem Heimsaal und dem Caius-d´Andrea-Saal zwei Sitzungs- bzw. Repräsentationsräume, ein Archiv, das berühmte naturhistorische Kabinett (siehe dazu den eigenen Link) sowie einen kleine Schulkapelle, in der zu Beginn der Woche vor Schulbeginn regelmäßig kurze Andachten für und mit SchülerInnen abgehalten werden.
Für gesundheitliche Malheurs jeder Art befindet sich neben dem Sekretariat der Schule ein kleines Krankenzimmer.
Über den großen Info-Bildschirm im 1. Stock werden Schüler und Lehrkräfte jederzeit über aktuelle Termine und Aktivitäten an der Schule auf dem Laufenden gehalten.
Die Professoren der Schule haben zudem noch Zugriff auch mehrere zehntausend Bücher, die sich in der großzügig ausgestatteten Professorenbibliothek befinden.
Bei der Renovierung der Schule wurde auch dem Aspekt der Barrierefreiheit Rechnung getragen: Alle Räumlichkeiten sind über diverse Aufzüge auch für Personen mit Handicap problemlos zu erreichen.